Existen muchas leyendas, y fantasías sobre la historia de estos años en Querétaro, dados a conocer por tradición oral y por algunos escritos de historiadores civiles y eclesiásticos.

La historia nos habla de que para extender los dominios de la Corona de España, y con la colaboración del jefe Español Hernán Pérez y de el cacique otomí ya españolizado, Nicolás de San Luís Montañez, piden ayuda a Conín, un idígena comerciante Otomí, que venia desde Xilotepec a ofrecer productos, y por lo cual tenia muy buenas relaciones con las comunidades asentadas en Querétaro, tratando de convencer a dejarse conquistar sin violencia, evitando una guerra.

Una vez bautizado como Fernando de Tapia, persuadió a los Chichimecas y Otomíes a dejarse conquistar sin resistirse, sin embargo, de manera concertada y sin armas se dio una batalla entre Cristianos y paganos, aunque todos eran indígenas, unos a favor de la corona española, contra los Chichimecas quienes se resistían a la conquista. Esta batalla se dio el día 25 de Julio de 1531 en la Loma del Sangremal. Se dice que a pesar de ser sin armas fue un batalla larga y sangrienta, a patada y puño. La leyenda dice que los españoles invocaron al Patrón de las Españas: el apóstol Santiago. Al aparecer Santiago en el cielo se escureció gracias a un eclipse y en la oscuridad los indigenas observaron una cruz luminosa y la figura del apóstol Santiago cabalgando en su Corcel Blanco. Sin lugar a dudas, para los indígenas esto fue la señal de su derrota, su Dios los había abandonado, en cambio los cristianos recibieron apoyo de su Dios. Así terminó la batalla.

En la Loma del Sangremal, se fundó la ciudad de Santiago de Querétaro.

Querétaro nació como pueblo de indios y así se mantuvo por más de 50 años. Fue hasta el año de 1655 cuando le fue conferido el título de ciudad. Su ubicación, entre la ciudad de México y las minas de Zacatecas, lo favoreció. Debido a que para llegar hasta el bajío se requería cruzar por Querétaro, así como para llegar al norte y noroeste de la Nueva España.